通天洞
于百米悬崖之上，洞中有洞，直冲云霄。相传唐朝时有12名中原汉僧到西域传经，一路翻山越岭、穿越大漠。历经艰辛来到龟兹，在寻找佛缘圣山时进入大峡谷，进入通天洞。从此，化羽成仙升入天界。
藏宝洞
传说成吉思汗挥师西域时，古龟兹王携带财宝而逃，王氏贵族藏进大峪，并将财宝藏于此洞，且封闭洞口，免遭元兵搜捕。20世纪60年代曾有弟兄二人进谷寻宝，发现了藏宝洞，取走财宝远走他乡，仅留下至今朽在洞口下方一段木质软梯的遗迹。后来，不断有人进谷寻宝，可再也没有找到第二个藏宝洞。只是意外地在谷口两侧半山坡上发现了汉代冶铁、炼铜遗址。
玉女泉
在峡谷深处紧靠峰基一高约8米，宽4米山洞的圆形顶壁上，终年有泉水滴落。冬季滴水成冰，凝成一个上窄下宽、重约千斤、晶莹剔透的巨大冰柱。每年三四月间冰体渐溶，宛如体态多姿的少女，妙不可言，故此取名玉女泉。
阴声与怪气
天山大峡谷(图4)
困惑不解的神秘大峡谷之所以具有神秘色彩其主要表现在：一是令人不寒而栗的阴声与怪气。谷内千佛洞峰体脚下，青龙潭及幽灵谷等谷底一带，在拂晓或晚间，瞬时会从谷底升起一团如烟似雾的白气，沿山体缭绕移动呈“之”字形蜿蜒腾空；有时突然会从地下冒出一个状如八卦图的雾状阴阳球体，沿崖壁滚动上升，消失在峰体之中。在神犬守谷景点下的半山坡或千佛洞的悬梯及高层台阶上，乃至峡谷内的客栈里，幸而会聆听到谷底处行人般擦擦的脚步声或敲门声，当你定睛细看时，却是声、人皆无。此时此刻，即是饱经风霜的入谷探秘探险者，也会毛骨悚然，惊恐失色。更为甚者，傍晚只身慢步在峭壁摩天，阴森幽暗，阴风惨惨的幽灵谷内，偶尔会听到震撼群山，古怪惊魄的空谷巨响，势如雄狮狂吼、地震山撼；令人大有山崩地裂之恐惧。也许上述种种怪声、怪气，其奥妙在于谷内特定地段如两谷相汇处或狭窄幽深的急转弯处的奇特地形，风向风力，谷内外温湿差异及地球磁场作用等因素形成的“狭管效应”与其山体及沙土层共鸣所致。其科学依据尚有待科考工作者和有关专家进一步探讨揭密。
神水、神风之谜
三是神水、神风之谜。盛夏，在谷外骄阳似火，汗流浃背。进入谷内特别是一线天、月牙谷、幽灵谷和冷风洞等景区，瞬间遍体生凉，暑汗全消。其因除谷内多泉溪，少光照，峡深谷幽外，还在于谷内有一股忽左忽右，忽前忽后，忽上忽下，类似天然空调的神风，万古不歇。风向的瞬时变换与谷的峰回路转，忽宽忽窄及内外温差息息相关。至于冷风洞中风力的回旋至今仍是个谜。每逢枯雨季节，在谷内第一落差的下方，有一神奇的含羞水沿谷底时隐时现。用手在绵沙中轻轻堵拦，溪水则含羞而潜，提脚一踏，水则向后倒流。这一奇观，中央电视台和新疆电视台先后做过专题报道。
