浮游动物
浮游动物（仅包括原生生物、轮虫、枝角类和桡足类四大类）46种，其中原生生物14种，隶属9科10属；轮虫18种，隶属10科14属；枝角类8种，隶属6科7属；桡足类5种，隶属4科5属。区内的原生动物大多数具有世界性分布的特点，但多属东洋界地理成分；轮虫和枝角类多属广温性种类；桡足类多为东洋种类。
昆虫
保护区共有昆虫10目63科227种，其中江西新纪录6种，其区系结构相当复杂，与世界各大界均有不同程度的联系，区系组成以东洋界和东洋、古北二界共有种为主体，形成古北、东洋两大区系交叉重叠现象。
软体动物
整个鄱阳湖记录有软体动物42种，鄱阳湖自然保护区现只记录到15种，其中腹足类10种，隶属3科7属；瓣鳃类5种，隶属3科4属。区内钉螺对群众健康不利，是日本血吸虫的中间宿主。
两栖爬行类
鄱阳湖沿湖及丘陵地区共有两栖类13种，爬行类50种。
鸟类
保护区现有鸟类310种，隶属于17目55科，其中国家一级保护动物10种，二级保护动物40种，属于中日候鸟保护协定的鸟类有153种，占该协定中鸟类总数227种的67.4%；属于中澳候鸟保护协定的鸟类有47种，占该协中鸟类总数81种的58%。
哺乳类
据不完全调查，整个鄱阳湖地区有兽类45种，保护区有31种。有河麂、穿山甲、江豚、小灵猫等4种国家二级保护动物。
根据植物群落的性质、生境、结构、种类组成，将鄱阳湖自然保护区的植被分为天然植被和栽培植被两大类型。天然植被分为：沙丘阶地植物群落，包括7个群丛；红壤阶地植物群落，包括7个群丛；湖洲潜育沼泽植物群落，包括32个群丛；河漫滩植物群落，包括7个群丛；水生植物群落，包括1个群丛。
